A história gira em torno de um grupo de adolescentes que descobrem um poder antigo e se unem para pilotar o poderoso mecha Aquarion, com o objetivo de salvar a humanidade de uma ameaça cósmica.
Sakko Otori é aluno de uma escola particular especial, a Academia Enoshima, mas é rejeitado pelos colegas por sua personalidade. Sua amiga de infância, Sayo Ichiki, faleceu tragicamente, e ele deixou um cravo para ela no velório. Um outro dia, na escola, Sayo aparece como se nada tivesse acontecido, falando sobre coisas que aconteceram há 12 mil anos.
As Máquinas Vetor se fundem, formando o Anjo Mecânico Aquarion, e enviam a Criatura Mítica de volta pela fenda espacial. Os professores explicam às crianças de onde vêm os inimigos, e qual seu objetivo, e cabe a eles escolher se vão continuar lutando. Sakko conta a todos sobre seu passado.
A auto-correção do universo causa a morte de Sayo. Momohime confronta Sakko e os outros sobre Sayo ser uma Elemento. DEAVA a escolhe como a próxima.
Momohime decide entrar no Aquarion, mas os sentimentos confusos de Rimiya por ela desequilibram a junção.
Um novo aluno chega à Academia, mas os boatos confundem: é uma garota parecida com Sayo, ou um garoto bonito?
A Academia Enoshima recebe dois novos cadetes Elemento: San, um jovem misterioso, e Hana, irmã da Sayo.
San exerce uma estranha influência sobre os alunos da Academia. Hana conhece Kamisama e ouve o que ele diz.
Hana desiste de ser um Elemento e vai atrás de Kamisama. Sakko e Momohime ouvem a história de San.
Após passarem pela fenda, os Elementos despertam no Espaço Mítico, onde sentem as emoções que lhes faltavam.
Sakko, Momohime e Rimiya voltam para casa, mas três meses se passaram desde que eles se foram, e tudo mudou.
A capacidade de auto-correção do universo indica que Momohime morrerá. Sakko tenta impedir esse futuro.
Momohime se junta à Criatura Mítica, e a batalha final cheia de revelações continua. O que será do universo?
